卡尔佩珀于1616年出生在苏塞克斯郡的奥克利村，出生时父亲刚刚过世两周，死因可能是伤寒。他在外祖父威廉·阿特索牧师家长大，阿特索是伊斯菲尔德村的教区牧师，住处距离卡尔佩珀自己家40英里（约合64公里）远。作为外祖父家唯一的孩子，他在女性陪伴下度过的时间比在自己家时多得多，因此受到了她们在医药和厨艺上的更多熏陶。此外外祖父家门外就是广阔的阿什当森林，三个世纪以后的动画片《小熊维尼》中的百亩林便是以这里为原型，而卡尔佩珀无疑也像A. A. 米尔恩笔下的小熊小猪一样在这里尽情嬉戏。1632年,外祖父将他送到了剑桥，此时他16岁。他来这里是为了学习神学，但无论他或他的家人对这段经历抱有怎样的期望，几年后这段学业还是戛然而止了。尼古拉斯爱上了一个社会地位远高于他的苏塞克斯女孩。这段爱情看起来毫无希望，但凭借着他的冲劲和激情——这也是今后贯穿他一生的性格特点——他成功说服了女孩与他私奔。他们计划在刘易斯的一座教堂里结婚。尼古拉斯从伊斯菲尔德乘马车出发，他的情人则从大宅附近步行。快到约定地点时，尼古拉斯却获知了一个惊人的消息：他的未婚妻在穿过南部丘陵时被闪电击中而丧命。
这场不幸对卡尔佩珀的观念和未来生活产生了深远的影响。他当时已经开始着迷于占星学和宗教激进主义，而这场飞来横祸在他看来既是极为不公的，又是对他冲动行事的一种惩罚。从这以后他的人生有了使命，他要找到能够打破疾病和自然灾难之专横的治疗方法。在未婚妻丧命的几天之后，他便放弃了剑桥的学业，前往伦敦。他到圣殿关的西蒙·怀特的药材店里当了学徒，在逐渐学习草药知识的过程中，他将会学到“长生草”是一种可以“保护生长之地不受烈火或闪电袭击”的植物。由于这次学徒经历，他入选了药剂师协会，成为会员，并在伦敦城东部的斯毕塔菲尔德开设了自己的店铺，身份既是占星师又是草药医生。
这时候的伦敦处于革命之中，成了各种异端宗教狂热和极端意识形态的发酵桶，短暂的混乱被推向了极致：宗教人士、月神崇拜者、政治煽动者、地下出版商，以及招摇撞骗的巫师——比如亚瑟·迪伊之子、伊丽莎白一世臭名昭著的占星师约翰·迪伊医生。再加上当时传染病肆虐、农作物歉收，更为各种思想的滋生提供了温床，于是各式各样自称有治疗能力的人如雨后春笋般冒了出来。空气中到处弥漫着末日将至的危机感，人心惶惶。
局势的混乱也反映在了正统医学界。威廉·哈维[60]通过证明血液的循环和心脏的真正作用，颠覆了人们过去关于人体的认识。哈维是一名皇家医生，也是内科医学院的领军人物，而当时内科医学院正与药剂师协会、理发师医生联合会针锋相对，论战一触即发。内科医学院一直试图将药剂师的工作限制在调制和配发药物上，并禁止他们推荐治疗方法或出售“诡异”的药物。1618年4月，医学院成功令王室发布公告，命令所有药剂师购买并遵守新出版的《伦敦药典》，这本书里详尽罗列了允许他们使用的药物名称以及配药方法，内容精确到每一打兰[61]、每一滴提取液。
《伦敦药典》表面上看来是用药规范上的进步，限制无行医资格的药剂师造成的危害。但实际上这只是内科医学院巩固自身势力和至高权威的举动。假如你认为按当时以及现代的标准卡尔佩珀就是个江湖庸医，那你须得知道《药典》里批准使用的是怎样的药物名单。药典中的药物按照字母顺序排列，从蚂蚁到狼的小肠，还包括独角兽的角、人的眼泪、捣烂的燕子、蛾、秃鹫脂肪、波斯野山羊小肠里的结石和许多有毒的异域植物，以及一些完全是虚构出来的植物。
在进入这个派系分明的世界时，卡尔佩珀的身份只是一个东部市场的商人。他在自己的店里为人答疑，也在街上叫卖产品、发表演说宣传自己的想法。园艺史学家埃莉诺·辛克莱·罗德[62]用文字再现了他非凡的感染力：“读着他那本荒谬的书时，脑海中一定会不由自主浮现出他那副老混混（其实是个年轻混混）的模样，他站在街角发表的演讲不但能吸引还能紧紧抓住普通大众的注意力，是因为演讲内容不但易懂还很让人信服。”他痛骂经典宗教著作，吹嘘自己广博的知识，甚至贬低其他占星师。那些通过病人的夜壶内容物进行占卜的人被他戏称为“小便占卜师”。其他大部分同行——那些会根据病人当下病情开药的“受人敬仰”的占星师——被他说成“胡说八道、漏洞百出的人，就像说鸡蛋里装的都是肉那么不可信”。他把自己的占星技巧称为“疾运盘”，需要根据疾病显现或伤害发生的准确时间来绘制盘表，然后只需选择与这个星盘处在同一个占星节点的植物作为药物即可——但卡尔佩珀从未解释过这个神秘的选择是如何做出的。然而绘制星盘时确实需要详细询问病史，这一点使他的诊治具有了——按现代的说法——整体观医学的特点，即治疗时病人和病情都被考虑在内。
无论卡尔佩珀的古怪理论是以何为基础，他的治疗手法在斯毕塔菲尔德及周边地区出了名。他因为便宜的收费和不拘礼节的风格而备受当地人欢迎。一个半世纪以后，1797年5月的《绅士杂志》上刊登了一小段他的速写，说他留着棕色长发，“体型瘦削”，并指出他是一个“出色的演说者，尽管演讲时十分自负，还爱讲俏皮话”，但这些都完全无损他的形象。
他也开始把影响力扩大到更大的范围。他为新成立的占星者协会做演说。他出版了一系列小册子和书籍，解释查理一世被斩首不久就发生日食的意义，介绍产科学，介绍兽医学。但作为一个彻底的圆颅党人[63]，他也碰上了麻烦。1640年，他在刚结婚不久就进行了一场决斗。决斗的原因已不得而知，但结果是卡尔佩珀不得不支付对手的医疗费用，并去法国躲了三个月。1642年，在英国内战一触即发的时候，他因使用巫术被判刑。一个叫作莎拉·林吉的女人在接受他的治疗后，很快就“日渐衰弱”。她指控他与魔鬼做交易，于是卡尔佩珀被捕并被判刑。他在1643年被监禁，监禁地点可能是纽盖特监狱。在国会军离开伦敦前去援救在格洛斯特被围的同志们时（具有讽刺意味的是，围困国会军的正是尼古拉斯的一位保王党远亲——约翰·卡尔佩珀爵士），刚刚获释不久的卡尔佩珀加入了国会军。去途中他们在纽伯里遭遇了埃塞克斯伯爵的军队，激战了三个小时，此战中尼古拉斯·卡尔佩珀被弹片击中胸口。
他再也没能从这次受伤中完全康复，并且将在受伤十年后死去，死时年仅37岁。但这个创伤却似乎对他产生了激励的作用，正如当年南部丘陵的横祸一样。在1648年前后，他接受了激进出版商彼得·科尔的委托，准备将最新版的《药典》翻译成英语。对于正统医学界而言，此举近乎背叛或亵渎正统医学。内科医学院苦苦保守的机密即将如杂草种子般传遍天下，每个人都将获得受治的权利。卡尔佩珀译自《药典》的《医师指南》在1649年8月出版了。卡尔佩珀并不只是对原文进行了简单的翻译，还加入了他自己编写的新内容，其中包括原版中并未包含的100种植物的用法，这一做法使得内科医学院原本高涨的怒火平息了下来。卡尔佩珀清楚地表示，他勇敢地——也可能只是有勇无谋地——翻译出来的是医药知识，更是政治宣言。书的第1页是他签名的“译者致读者信”，这封信铿锵激昂地将政体与人体联系到了一起：
我们现在努力争取，也是后人若干年后将继续争取的，是国民的权利……但迄今为止在我的视神经（不管这是入侵我们身体的物种，还是一个信号收发装置，都无所谓）的帮助下，我看到我们的共同财富（不知道这么写是否有语法错误）的权利却被三种人侵害得最为严重，他们是牧师、医生、律师……第一种人骗取人们的灵魂，第二种人骗取人们的身体，第三种人骗取人们的家产。