围绕免疫学说的斗争
从1878年起，巴斯德和他的助手们又冲向了防治牛羊炭疽病和鸡霍乱的新战场。 经过三年的实验研究，巴斯德提出了他的弱毒免疫理论，并开始用疫苗防治畜禽疾 病。
这一理论的提出，又一次触怒了医学界和兽医学界的顽固派。于是又展开了一 场长达六年之久的惊人的激烈斗争。
一天，在医学会会议上，巴斯德谈起了自己关于免疫的发现，好心好意地告诉 医生们，他证明了詹纳在天花上未能做到的一点，就是杀害动物的微生物正是保护 动物不死的微生物。对巴斯德自以为比詹纳高明，老派医生们大为恼怒。八十多岁 的著名外科医生儒尔士．奎茵（一译盖朗）尤其冷嘲热讽。巴斯德当即反击，斥责 奎茵的一次得意手术毫无意义。于是，恼羞成怒的奎茵离开座位，对准60岁的巴斯 德一拳打去。在场的其他医生连忙跑来劝阻，才制止了双方的拳斗。第二天，奎茵 又向巴斯德提出决斗，妄图以拳打脚踢和头破血流来解决真理问题。巴斯德退还了 他的挑战书，告诉来使：“我的职业是医病，不是杀人”。
经验与教益
如上所术，巴斯德一生做出了许多重大发现，一再遭到科学界一些人的怀疑， 抵制和反对。这是为什么呢？
首先是由于科学发现本身的革命性和科学界的保守性之间的矛盾造成的。1888 年11月14日在庆祝巴斯德研究所落成大会上，会议秘书曾指出：“巴斯德先生是一 位革新家”。“他对于发酵，对于极细小的微生物，对于传染病的原因，以及对于 这些疾病的预防接种所做出的发现，对生物化学、兽医学和医学来说并非一般性的 进展，而是完全的革命”。面对推翻旧理论的革命性发现，一些长期受旧理论熏染 的科学家，当然不会接受，必然下意识地拿起旧理论向新发现进行抗争。正因为如 此，其中年龄愈大、受旧理论影响愈深者，对新发现的抵制也就愈烈。例如对细菌 致病理论，老年医生多半是反对者；而年轻医生则往往是拥护者，朱伯特、鲁和张 伯兰等，还成了巴斯德的得力助手。当然，在革命性的发现面前，年龄大小并不是 决定科学家态度的唯一因素。一般说来，科学家是尊重实验事实的。只要一个人的 发现能为许多人，特别是怀疑者本人的实验所重复，怀疑者就会由怀疑变为相信、 由反对转为拥护。例如毕奥态度的转变、李斯特的热烈拥护等，都是如此；而法国 的博物学家们从来不做什么实验，完全以旧理论作为衡量真理和谬误的标准，因而 很自然地成为新理论的反对者。
其次巴斯德在生物学方面的发现所以屡遭抵制，还因为职业专门化和科学分工 造成的局限性。巴斯德原是个化学家，对生的学、医学本来一窍不通。这样，生物、 医学界的人们往往把他看成外行，不相信他有解决生物、医学问题的能力。一般人 也往往这样看。例如当巴斯德研究蚕病开初进不大时，蚕农们就曾抱怨说，防止蚕 病的事，化学家懂吗？这是一方面。另一方面，内行们又往往把自己的研究领域看 成是只共他们狩猎的围场，而将他人的进入看作是一种非法的进犯行为。对进犯者， 他们当然要加以反对；进犯者的猎物当然更得不到公正的评价了。殊不知，在19世 纪像巴斯德这样的化学家研究生物学问题，正是适应了学科之间相互移植和渗透的 客观要求。巴斯德的成功本质上是这一客观趋势的必然结果。当时的化学已成为一 门实验科学，而生物学还停留在描述性阶段，巴斯德操起化学的实验方法和工具， 潜心地研究生物学问题，从而揭示出一个又一个从未见过的现象，提了一个又一个 新见解，也就不足为奇了。
第三，巴斯德遭逢的怀疑和抵制往往达到激化程度，这与他的气质有很大关系。 贝弗里奇曾指出：“新发现所引起的纷争有时因发现者的人品而变本加厉。作出新 发现的人往往不会也不善于处理人与人之间的关系。如果他们略微圆通一些，麻烦 也就少得多”。这点在巴斯德身上表现的特别明显。巴斯德具有艺术家和诗人的气 质，喜欢激动。这样，在遭到他人反对时，就往往不够冷静、耐心，说出一些带有 刺激性的话语。例如由于揭了博物学家不会做实验的短处，加剧了博物学家对他的 反对；由于他当众斥责奎茵的外科手术，导致奎茵采取了粗野行动。而对自己，他 又往往不太廉逊，或说自己的发现超过了历史上某位著名人物，或将几位德高望重 的科学家对他的赞美之词引用于演讲中，发表于文章内。这也刺激了科学界的反对 派。克鲁伊夫曾指出：巴斯德之所以树敌，部分原因“是由于他的怒气冲冲、鲁莽 从事的挑衅神气”。