《创世记》里涉及自然环境的文字中，最让人吃惊的是它对农业到来所抱的悲苦和怨恨的态度。在后来的西方基督教眼中农耕是一件圣事，因为“耕种土地，播撒好的种子”被视为上帝向人类播撒正义的象征，但在当时农业的处境完全不是这样。至少对于《圣经》中一群过得并不幸福的亚述人来说，他们的田间劳作因杂草——无论是实际劳作中造成的麻烦还是心理上带来的影响——而异常辛苦，劳动就像一种惩罚，或者是看起来美好、实际上却苦涩的毒酒，跟狩猎采集时的自在生活更是无法相提并论。
这种失落感可能由来已久。伊甸园故意被塑造得如此梦幻，以突显人类堕落所带来的现实问题。但根据《创世记》对地理位置的描述——尤其是关于亚述临近幼发拉底河的描写——可以推断出《创世记》可能取材于美索不达米亚的某个地区，在这里七千多年前农业就已经出现了。农耕的想法不太可能是某个人灵光一闪想出来的，而更有可能是在采集和储存用作食物的野生植物的过程中逐渐形成的。由于缺乏证据，许多场景只能靠我们想象：人类耕种的灵感可能是来自动物拱地觅食的行为，因为人们发现泥土拱松后似乎促进了植物的萌发。又或者是人类观察到土堆上更容易长出可食用的野生植物，而这些土堆通常就是动物觅食时翻找的地方。又或者是在居住点附近采摘了植物之后，这些植物再次发芽生长，给了人类启发。采集食物的人都喜欢叶子和种子生得较早或个头较大的植物，因此从人类定居点附近的食物残骸中萌发的植物，也一定都属此类。所以垃圾堆可能是偶然产生的第一片农田。正如上个世纪初农业历史学家尼古拉·瓦维洛夫[26]所说，一种野生植物通过这种方式脱颖而出，“靠着入侵务农者的生活以达到被种植的目的……在他家的屋檐下寻求庇护，并为他提供服务”。
石器时代美索不达米亚人采集的野生植物中，有些如今被讽刺性地归为了杂草，有些则依然被生活在幼发拉底盆地的美索不达米亚人后裔使用着。当代的伊拉克村民们会从山上采集野生绿色植物。锦葵科植物常用来做汤和炖菜。现在想在英国做一碗美索不达米亚沙拉简直轻而易举，其中的食材——西洋菜、酸模和蒲公英随手可得。野生果实更是从古至今都很充足，如栗子、杏仁、无花果和橄榄（但这些果子传播之广、历史之悠久使它们的原产地已经无法追溯）。杏和石榴的分布也很广泛，而且如果要给让夏娃堕落的智慧果找个现实中对应的果实，很可能就是这两者之一，而非一般人认为的苹果，因为中东炎热的气候不适合苹果的生长。不过泰瑞斯·麦肯南[27]在其标新立异的大作《神的食物》中，煞有介事地论证说分别善恶的树应该是一种沙漠迷幻蘑菇——古巴裸盖菇（Psilocybe cubensis）。怪不得当地部落的人民如此怀念他们过去采集狩猎的生活呢。
改变了他们的生活，并最终改变了整个人类文明进程的是对一种沙漠杂草——野生二粒小麦的驯化。最开始人们只是从野外采集这种植物，用它富含淀粉的种子做稀粥。这种植物喜欢长在大土包上，且所有麦穗差不多是等高的，一定是这齐整的景象激发了人们统一收割的想法。采集者们——就像当年种植虞美人的威尔克斯牧师一样——会优先挑选能满足自己需要的特征，比如一片麦子在同一时间成熟的，以及种壳不会裂开使种子掉落的。这些特征具有遗传性，被人类采集回来散落在居住点附近并萌发的野生二粒小麦，将表现且传承这些特征。这些是驯化植物的最初步骤，后面还会相继发展出其他相关的农业技术，如灌溉、耕种、统一收割、脱粒、扬谷、碾磨和最后的烘焙。这一切全都靠“必汗流满面才得糊口”的人们辛勤劳作。
在真正的农耕刚刚开始时，“杂草”——惹人讨厌的入侵者，长在错误地点的植物——这一概念的出现，无疑让原本已操劳过度的第一代农民更添烦忧。专门开辟的耕地让这些非作物的植物生存状态大有改观，并刺激了它们的生长。于是耕地成了所有本地植物的实验场，它们个个都来这悉心翻整好的土地上大展拳脚。原始的麦田里必是长满了虞美人、黑芥、唐菖蒲和毒麦——最后这种有毒的杂草长时间地困扰着欧洲农民，直至中世纪晚期。那时还没有为农田除草这一说。作物和杂草都是在收获以后再粗略地分开——这个过程被忠实地记录在《马太福音》中种子的寓言里。《马太福音》中说，一个地主的田里被仇人撒了杂草的种子。他对仆人说不必拔出杂草：“不必，恐怕薅稗子，连麦子也拔出来。容这两样一齐长，等着收割。当收割的时候，我要对收割的人说：先将稗子薅出来，捆成捆，留着烧，唯有麦子要收在仓里。”这是长久以来各种除草技术之中，为数极少不会使杂草得益的方法之一。杂草中有一类“奸细”，形态、行为都与领地被它们入侵的作物极为相似，而几乎所有早期的农业举措都会在无意中帮助这种杂草竞争，即刺激它们的生长。成功的杂草是那些能让自己的种子混进作物种子中，从而在来年一起被播种的品种。
杂草的顽固和无处不在一定让早期的农民们恼怒不已。可是如果他们当时成功地控制住了杂草——比如某些技术突飞猛进到未来的水平——后来我们所理解的农业是否还会产生，就要画个问号了。中东地区的土壤薄而贫瘠。第一次犁地的过程中，一定又有大量土壤被沙漠的大风吹走。农作物的根会在一定程度上固定住土壤，但要不是杂草们迅速占领开拓的土地，作物间光秃秃的间隙也还是很容易被吹散、侵蚀，流失营养。还好，大部分农业技术都有弱点，这可帮了土地一个大忙。将作物与杂草一起收获，有利于那些与农作物同一时间结种的杂草。用镰刀收割的方法，会使那些种子高度与麦穗高度相同的杂草保留下来。用筛子筛选谷物，对那些种子大小与作物相近的杂草有利。这种对作物的模仿——自然选择下演化法则的一个简单体现——是杂草古老的法宝。带来的结果，就是超乎想象的演变过程。野燕麦为了混进不同的作物中，根据作物种子的特征演变出了不同形态的种子。有些田地里春大麦和冬大麦会一行行相间着混种在一起。冬大麦的叶子呈莲座丛状，长在冬大麦行里的野燕麦发芽时便也会长出丛状的叶子；春大麦长得细高，长在它们中间的野燕麦茎芽就蹿得又快又直。东南亚稻田里生长的杂草与水稻极为相似，即便是耕作的农民也无法在杂草开花前分辨两者。植物育种者想出了个办法，想培育几种稍带紫色的水稻来与杂草相区别，使杂草更容易被认出。可是几年之后，杂草也带上了紫色。原来，育种者借以培育紫色水稻的色素沉积性状，在杂草中也会偶尔出现。于是每次收割幸存下来的都是这些有颜色的杂草，然后它们的种子就顺利进入了下一年的种子库中。
在古老的美索不达米亚，杂草们无穷的创造力让人们仿佛看不到出路。劳作者们越想铲除杂草，它们就越欣欣向荣。恐怕早在《创世记》对杂草可怕的大书特书之前，人类就已经感觉到这些凶恶植物的存在是一种惩罚。中东地区的价值观和宗教观念也被农业所改变。这一地区在狩猎采集时代原本崇拜——或者说尊崇——动物之灵，它们独立于人类但也顺从于人类。可是农耕出现后，最早的农民们深知自己找到了新的力量，于是他们需要一些超自然的存在赐予他们力量，帮他们统治自然。无论是动物之灵还是自然之神都已无法满足这个要求，于是新的神灵是超人类，是具有人的形象的神，是“人类的牧羊人”。
但这新的力量和新的神祇，都是有代价的。狩猎采集时代的自由一去不复返，取而代之的是辛苦劳作，是分工合作，是杂草们带来的心理和劳动量上的双重折磨——这就是想要安定生活就必须背负的种种重担。有一群农民和牧人——耶和华的部落，早期的犹太人——遭遇了一场巨大的灾难。他们的重要领地耶路撒冷于公元前586年被强占，犹太人被放逐到巴比伦尼亚[28]的沙漠。犹太人把自己的流放解释为一种惩罚，但经过一点巧妙的神学上的“曲解”，这一惩罚就成了他们被神选中、被赋予了更多神之关注的征兆。他们拒绝了为中东地区广泛接受的高雅文化和具有多个生育丰收之神的信仰系统，宣称自己是被唯一的上帝选中的人民。一神论自此诞生。
但对生活的不满依旧啮咬、折磨着他们，他们把这种怨念写进了创世故事的种种细节中。《创世记》可以看成是早期中东牧民与农民在试图向自己解释，为什么自己的生活会如此困苦。对自然的征服——他们心目中吃下智慧果所获得的知识——既是他们被惩罚的原因，也是惩罚的形式。20世纪的哲学家约翰·帕斯摩尔认为，创世故事其实是对自己行为的合理化：“在《创世记》被创作出来的时候，人类已经开始着手改造自然。（这些故事）让人为自己的行为找到了合理的解释。其实人类并不是因为《创世记》让他们去征服世界才去这样做的，正如人类不是因为《创世记》的指示才知道要繁衍后代。《创世记》只是用来抚慰人类不安的工具。”
有趣的是，《创世记》中的许多中心元素——世外桃源般的花园和人类的堕落、一条蛇、一棵树、半是惩罚半是挑战的杂草爆发——都或多或少地出现在了其他文化的创世故事中。这些元素作为象征符号，似乎在人类的意识深处扮演着某种不可或缺的角色。在经典的希腊罗马神话系统中，也有一个伊甸园般的地方，这是一个永远是春天的田园乌托邦，这里永远长着各式各样充足的粮食，不需辛苦劳作便可生活无忧。人类也被从这个天堂中放逐。不过放逐的目的不是惩罚，而是试炼。神灵们认为，给人类设置障碍可以激励他们思考和进化。杂草可以帮助他们塑造人格。维吉尔极富启发性的伟大诗作《农事诗》就和基督教出现以前意大利的农家生活有关，诗中描写朱庇特[29]十分赞同“耕作的过程应当艰难”，并一手导演了人类的放逐：